A Pécsi Egyházmegyei Levéltárban 2019. május 6-tól kutathatóvá válnak a plébániai levéltárak, amelyek 2015–2018 között püspöki az egyházmegye teljes területéről beszállításra kerültek. A beszállításokkal párhuzamosan feldolgozásuk is megtörtént, így a Püspöki Levéltár és a Káptalani Levéltár mellett létrejött egy új levéltári részleg, a „Plébániai levéltárak" fondcsoportja (PEL.III.), amely több mint 200 fondot tartalmaz kb. 450 iratfolyóméter terjedelemben. Ennek legértékesebb részét a mintegy 2000 kötetből álló anyakönyvi gyűjtemény képezi (1688-tól a 20. század közepéig). A plébániai levéltárak egyéb anyagaiban jellemzően egyházi és világi rendelkezéseket tartalmazó protocollumok, egyházlátogatási jegyzőkönyvek, egyházközségi képviselőtestületi jegyzőkönyvek, iskolaszéki jegyzőkönyvek, iktatókönyvek, párbérnaplók, karitatív és hitbuzgalmi egyesületek jegyzőkönyvei találhatók, valamint kötetlen iratanyag, amely főleg a plébániahivatal (és adott esetben az esperesi hivatal) hivatalos iratait tartalmazza.
A plébániai levéltárak egy része (anyakönyvek, historia domusok) online is elérhető az Egyházmegyei Levéltár internetes kutartási felületén (E-Archivum), a többi anyag csak helyben kutatható, előzetes bejelentkezéssel.
Ugyanakkor április 27-től újabb az E-Archivumban is újabb levéltári anyagok váltak kutathatóvá, az anyakönyvi másodpéldányok, az egyházmegyei tanfelügyelőség és a székeskáptalan iratai közül. Ugyancsak hozzáférhető vált digitális formában Brüsztle József Recensio universi cleri dioecesis Quinque-Ecclesiensis (1874-1880 ) című nyomtatott munkája is. A kutatható tartalmakról a levéltár honlapján lehet tájékozódni (Online kutatható anyagok). Jelenleg mintegy 5600 mappában közel 460.000 képfelvételt lehet böngészni.
