A Nyíregyházi Egyházmegye 2015. március 20-án jött létre, amikor Ferenc pápa 2015. március 20-án megalapította a Magyarországi Sajátjogú Metropolitai Egyházat, amely a Hajdúdorogi Egyházmegyéből (amely ettől fogva főegyházmegyei rangra emelkedett) és a Miskolci Exarchátusból áll. Ugyanakkor a Hajdúdorogi Egyházmegye területének felosztásával megalapította a Nyíregyházi Egyházmegyét, amelynek területe megegyezik Szabolcs-Szatmár-Bereg megye közigazgatási területével. Az új egyházmegye székhelye Nyíregyháza lett, ugyanott, ahol addig a Hajdúdorogi Egyházmegye székhelye volt.
Ezt követően a Hajdúdorogi Egyházmegye által fönntartott, addig Nyíregyházán működő Görögkatolikus Püspöki Levéltár is felosztásra került. A Hajdú-Bihar megyei parókiák fondjai, valamint a Hajdúdorogi Egyházmegye felállítását követően (1912) keletkezett egyházkormányzati iratok a Hajdúdorogi Főegyházmegye levéltárában kaptak elhelyezést. A Miskolci Egyházmegyéhez tartozó parókiák iratai 2016 augusztusában a Miskolci Egyházmegye Levéltárába kerültek. A maradék, Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei parókiák iratanyagát tartalmazó rész helyben maradt, de az intézmény jogilag új levéltárként folytatta működését. A Nyíregyházi Egyházmegye Levéltárának alapítási dátuma 2019. augusztus 5.
A levéltárban elhelyezett történeti értékű iratanyag tehát a Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei görögkatolikus parókiákról került beszállításra a Görögkatolikus Püspöki Levéltárba, majd onnét – mint jogelőd intézményből – került a Nyíregyházi Egyházmegye tulajdonába.
