Az Egyesület 1993. június 17-én alakult meg a Debreceni Református Kollégium tanácstermében, Magyarországi Egyházi Levéltárosok Egyesülete (MELTE) néven. Az alapítás előzményeként érdemes megemlíteni az egyházi levéltárosok 1987-ben Budapesten, a Ráday Levéltárban tartott nemzetközi konferenciáját, s hogy 1991-ben Rómában létrejött a Nemzetközi Levéltári Tanács (ICA/CIA) Egyházi Levéltári Szekciója (SKR), melynek elnöke a kiváló magyar kapcsolatokkal rendelkező Helmut Baier, alapító tagja és magyarországi tanácsadója (1995-től titkára) pedig Kormos László, a Tiszántúli Református Egyházkerületi Levéltár igazgatója volt. Az egyesület megalakítása annak tudatában történt, hogy az egyházak a legrégibb időtől fogva különös felelsőséget hordoznak a történelem, a kultúra és a tudomány gondozásáért szerte a világban, így Magyarországon is, továbbá az egyházi levéltárak ökumenikus felelősségük tudatában mindig is őrizték, gondozták és szaporították írott emlékeiket. Közismert az is, hogy az egyházi levéltárakban őrzött iratok mennyiségét többszörösen meghaladja a nevezett iratok történeti értéke. Látható továbbá, hogy az egyházi levéltárosoknak egészen sajátos helyzettel és problémákkal kell megküzdeniük. Ezek indokolták azt, hogy az egyházi levéltárosok önálló egyesületbe tömörüljenek, méghozzá ökumenikus alapon. Az ökumenizmus azóta is az egyesület legnagyobb és féltve őrzött értéke. A MELTE első tisztikarát Kormos László elnök, Varga Lajos titkár, Vető Béla gazdasági ügyintéző, Beke Margit, Horváth Erzsébet, Kiss Mária és Kiss Emil intézőbizottsági tagok alkották.
Már a MELTE debreceni alakuló ülése is egyházi levéltáros konferenciával volt összekapcsolva (anyaga nyomtatásban is megjelent), megteremtve ezzel az évenként változó helyeken megtartott, közgyűlésből, szakmai tanácsakozásból és közös kirándulásból álló találkozók hagyományát. A következő években Vácott, Sopronban, majd Budapesten tartotta éves konferenciáját és közgyűlését az egyesület, minden esetben rangos külföldi előadók és vendégek részvételével.
Az egyesület alapszabályának elfogadására 1994-ben Vácott került sor, a MELTE második konferenciáján és közgyűlésén. Az alapszabály az előzetes tervezettől eltérően az egyesületi tagok körét a szűken vett levéltári alkalmazottak körén túlra is kiterjesztette.
A MELTE vezetősége képviseltette magát az 1995-ben elfogadott magyarországi levéltári törvény vitáiban is. Kitűzött céljukat, hogy a törvény külön intézkedjék az egyházi levéltárakról, nem sikerült elérnünk: 1995 óta az egyházi levéltárak a „nyilvános magánlevéltárak” közé tartoznak.
1996-ban a MELTE Budapesten, a baptistáknál tartotta éves tanácskozását, és az egyesület rendezvényével egy helyen és egy időben, Budapesten ülésezett az ICA/SKR is, ami a MELTE számára komoly elismerést jelentett.
1996-ban került be az egyesület Intézőbizottságába Janka György és Szabadi István. Ugyanebben az évben elhunyt Kormos László, halála után a MELTE elnöki teendőit két éven át Szabadi István végezte. E két év alatt az egyesület állandó részvételi joghoz jutott a nyilvános magánlevéltárak költségvetési támogatását elosztó minisztériumi tanácskozásokon, és szorgalmazta az NKA Levéltári Kollégiumában és az NKÖM Levéltári Kollégiumban való képviseletét is.
Az egyesület élni akarásának látványos jele volt az 1997-es nyíregyházi MELTE-konferencia, amelynek témája az egyháztörténetírás és az egyházi levéltárak kapcsolata volt. Előadásai a Görög Katolikus Püspöki Levéltár kiadványaként, Janka György szerkesztésében jelentek meg nyomtatásban.
Általános tisztújításra a Pápán tartott közgyűlésen, 1998-ban került sor (konferenciánk témája ekkor az állományvédelem volt). A MELTE akkor megválasztott, jelenleg is működő tisztikara: Horváth Erzsébet elnök, Dudás László gazdasági ügyintéző, Czenthe Miklós titkár, Janka György, Mózessy Gergely, Szabadi István, Szebeni Olivér az intézőbizottság tagjai, Köntös László, Kertész Botond, Lakatos Andor IB póttagok, Lukácsi Zoltán, Vető Béla ellenőrző bizottsági tagok. Az egyesület székhelye és irattára Debrecenben, a Református Egyházkerületi Levéltárban van, ugyanott van bejegyezve az egyesületi munka támogatására létrehozott Egyházi Levéltárakért Alapítvány. Az új vezetőség alatt valósult meg, hogy a MELTE elnöke egyúttal rendkívüli tagja lett az NKA Levéltári Kollégiumának, s tanácskozási joggal jelen lehetett az NKÖM Levéltári Kollégiuma ülésein.
Az 1999. évi, Kolozsváron megrendezett konferenciánk témáját az egyházi anyakönyvek adták. Addigra ugyanis különböző alapszabálymódosítások révén, de természetesen jórészt személyes kapcsolatoknak köszönhetően a határon túli magyar egyházi levéltárosok közül is nem kevesen taggá váltak, a kolozsvári és az azt követő közgyűléseken pedig az egyesület tagsága további számos határon túli kollégával egészült ki.
A MELTE önálló kiadványokkal is jelen akart lenni a levéltáros szakmában: elsőként 2000 elején látott napvilágot egy egyesületi tagokból alkotott munkacsoport működésének eredményeként, Kertész Botond szerkesztésében az Útmutató az egyházközségi levéltárak értékeinek védelméhez című állományvédelmi füzetünk, melyet minden egyházközséghez, egyházi levéltárhoz eljuttattunk, s a jövőben határon túli terjesztéséről is gondoskodni szeretnénk. Az év végére pedig megjelent a Lakatos Andor szerkesztette Ki kicsoda az egyházi levéltárakban? című adattár, amelyben az egyházi levéltárosok és egyházi levéltárak adatai olvashatók.
A jubileumi 2000. évben Esztergomban gyűltünk össze, ahol a gyülekezeti levéltárakról volt szó. Az esztergomi találkozót az Önkormányzati Levéltárak Tanácsával együttesen szerveztük, s a két egyesület párhuzamos konferenciáján közös szakmai programok is voltak.
Sárospatak adott otthont a 2001-ben megrendezett közgyűlésnek és konferenciának, ahol az egyházak jogi, szervezeti és financiális hátteréről beszélgettünk, hallgattunk előadásokat.
2001-ben a Kalocsán tartott konferencián az egyházi levéltárak és a „külvilág” (tudományos kutatás, állami levéltárügy) kapcsolatáról értekeztünk. Helmut Baier nyitóelőadása után nürnbergi és kolozsvári kollégák adtak elő, és külön alkalmat szenteltünk egy kerekeasztalbeszélgetésnek, amely során pályázati kérdésekről, minisztériumi rendeletekről tájékozódhattunk. Kalocsán tisztújításra is sor került: horváth Erzsébet továbbra is elnök maradt, titkárunk Lakatos Andor, gazdasági ügyintézőnk Kertész Botond, az Intézőbizottság tagjai rajtuk kívül Janka György, Mózessy Gergely, Szabadi István és Szebeni Olivér lettek.
2003-as konferenciánkon Debrecen és Nagyvárad református levéltárainak közös rendezésében emlékeztünk meg a MELTE megalakulásának tizedik évfordulójáról. Debrecenben ünnepi közgyűlést, Nagyváradon a plébániai-gyülekezeti levéltárak helyzetét tárgyaló konferenciát tartottunk, majd a Szilágyság néhány ősi templomát látogattuk meg. A konferencia alkalmával jelent meg az egyesület 10 éves működését bemutató emlékkönyv „Hogy mindnyájan egyek legyenek…” címmel, Szabadi István szerkesztésében.
Az egyesület 2022. évi budapesti közgyűlése úgy határozott, hogy nevét Magyar Egyházi Levéltárosok Egyesületére változtatja. Az Alapszabály más módosításaival együtt a 2023. július 3-án, Kecskeméten tartott közgyűlés ezt a döntést megismételte. Ennek alapján 2023. szeptember 7-én a Debreceni törvényszék a névváltoztatást elfogadta, és átvezetését elrendelte.
