Az egyházközségi levéltárak minden egyedi irata értékes és megőrzendő. Általánosságban elmondható, hogy az 1867, de különösen az 1848 előtt keletkezett iratokra fokozott figyelmet kell fordítani, mivel ezek már koruknál fogva is történeti értéket képviselnek. Az ennél fiatalabb iratok pedig gyártási technológiájuk miatt gyorsabban mennek tönkre, ezért szükséges gondos védelmük. A teljesség igénye nélkül szükséges egy-két gyakrabban előforduló, fontos iratfajtára felhívni a figyelmet:
- Anyakönyvek: Általában a legrégibb egyházközségi iratok. Az 1894. előtti egyházi anyakönyvek nagy részét mikrofilmre vették és a Magyar Országos Levéltárban őrzik. Ez azonban nem jelenti azt, hogy az eredeti példányokat nem kell fokozott védelemben részesíteni.
- Historia domusok: Az egyházközségek történetének egyik legfontosabb, gyakran elbeszélő, krónikás stílusú forrását jelentik, emellett helytörténeti szempontból is nélkülözhetetlen adatokat tartalmaznak.
- Testületi jegyzőkönyvek: A különböző egyházközségi önkormányzati szervek (közgyűlések, majd presbitériumok, a katolikus egyházban újabb korban a képviselő testületek) jegyzőkönyvei a gyülekezetek történetének fontos forrásai. Az egyházi bírósági jegyzőkönyvek a néprajzi kutatások számára is fontosak.
- Canonica visitatiók jegyzőkönyvei: A canonica visitatiók kimeríthetetlenül gazdag történeti források, amelyek a püspöki, vagy esperesi egyházlátogatások során, előre kidolgozott szempontok szerint készültek, s átfogó képet adnak az egyház helyzetéről, állapotáról. Bár az egyházlátogatási jegyzőkönyvek rendszerint az egyházmegyei és egyházkerületi levéltárakban is megtalálhatók, de sok közülük megsemmisült. Ezért fontos, hogy ezek meglévő példányaira az egyházközségi levéltárakban fokozottan ügyeljünk. Történeti forrásértékük mellett gyakorlati hasznuk is van, például régi egyházi épületek renoválása alkalmával.
- Egyházközségek közigazgatási iratai: Ezeket az iratokat korábban gyakran nevezték lelkészi, illetve plébánosi irattárnak. A lelkészek hivatalos levelezését eredeti rendjükben kell megőrizni. Az újabb, iktatott levelezés kezeléséhez a különböző iktató és mutatókönyvek megőrzése is szükséges, hogy a közelmúlt és a jelen eseményei a jövőben könnyebben kutathatók legyenek az utódok számára.
- Gazdasági iratok: Bár a különböző számadáskönyvek, elszámolások ma már nem bírnak jogbiztosító érvénnyel, azonban szervesen hozzátartoznak az egyházközségi levéltárhoz, a más dokumentumokban fellelhető adatokat jól kiegészítik, az esetleges hiányokat sokszor pótolják. Egyes iratfajtáknak (pl műszaki felmérés, egyházközsgégi leltár) az épületek helyreállításánál, felújításánál gyakorlati jelentősége is van.
- Iskolai iratok: A legújabb időkig (az 1948-as államosításig) elsősorban a történelmi egyházak végezték a népoktatás, az elemi iskoláztatás fontos feladatát. Ennek megmaradt dokumentumai is hozzátartoznak az egyházközség levéltárához.
- Egyesületi iratok: A 19-20. században működött egyházközségi ifjúsági és felnőtt egyesületek a valláserkölcsi nevelést, a vallási élet elmélyítését, a szociális felelősségérzet felébresztését szolgálták és döntően meghatározták az adott közösség vallási és kulturális arculatát. Ezeknek iratai az egyházközség önszerveződésének és működésének fontos forrásai.
- Kéziratok: A lelkészek és tanítók működése során egyházi, tudományos és szépirodalmi kéziratok is keletkeztek. Ezek a kéziratok (pl. prédikációk, versek és más szépirodalmi alkotások, tanulmányok) nemcsak szerzőik életrajzának és a gyülekezet történetének fontos forrásai, hanem gyakran az adott korszak tágabb egyháztörténetéhez, vagy művelődéstörténetéhez is lényeges adatokat tartalmaznak.
- Esperesi irattár: A katolikus espereskerületek és protestáns egyházmegyék a történelem során gyakran változtatták székhelyüket. Előfordul, hogy ezek iratai is megtalálhatók a különböző egyházközségi levéltárakban. Amennyiben lehetséges, kívánatos, hogy ezeket az iratokat külön őrizzék a többi egyházközségi anyagtól.
- Családi iratok: Egy-egy gyülekezet kiemelkedő patrónusának, vagy kegyurának családi iratai gyakran megtalálhatóak az egyházközségi levéltárakban. A történeti érték megmentésén túlmenően az egykori jótevők iránti tisztelet is megköveteli, hogy iratahagyatékukat megóvjuk.
